La Pinacoteca manfrediniana deve il suo nome al marchese Federico Manfredini (Rovigo 1743 – Campoverardo 1829) che la collezionò nel corso della sua laboriosa esistenza al servizio dei Granduchi di Toscana e nel riposo della campagna veneta ove si ritirò nel 1811. Non avendo formato egli una propria famiglia, dispose che la sua eredità fosse divisa tra nipoti e parenti, ma per lascito testamentario volle che la maggior parte dei dipinti che costituivano la collezione artistica fosse conservata tutta insieme nel Seminario Patriarcale di Venezia. Molto probabilmente tale volontà prese corpo nel marchese Manfredini a seguito della stima che egli riponeva nei patriarchi di Venezia, Giambattista Ladislao Pyrker e Jacopo Monico. E certamente giocò un ruolo determinante anche il legame stretto con il canonico Giannantonio Moschini (un somasco passato al clero secolare), un erudito e appassionato culture delle arti che continuando a risiedere in Seminario si prodigava a tutelare il patrimonio storico-artistico della ormai scomparsa Serenissima Repubblica.
La Galleria consta di 65 dipinti su tela, tavola e rame; raccoglie opere di scuola pittorica del centro Italia, ma anche del nord Europa, e copie antiche di esemplari famosi oggi custoditi al Louvre o all’Ermitage.

Dal 2019 la Pinacoteca Manfrediniana è divenuta il Museo diocesano del Patriarcato di Venezia. Si tratta di un ulteriore segno della centralità che il “polo della Salute” ha assunto come cuore della proposta culturale della Chiesa veneziana.